Początki opolskiego Kościoła św. Sebastiana sięgają roku 1680. Powstał on jako kaplica, w podziękowaniu za wygaśnięcie w roku 1680 epidemii dżumy, która wybuchła w Opolu. Wzniesiono go na miejscu dawnej gospody. W tej właśnie gospodzie w roku 1679 zmarła pierwsza ofiara, i z niej zaraza rozprzestrzeniła się na całe ówczesne miasto.
Istnieje dokument biskupa z 18 listopada 1680 roku, zezwalający na budowę w tym miejscu kaplicy. Trudno jednak dziś ustalić dokładną datę jej zbudowania. Prawdopodobne jest, że ze względu na panujące wtedy w mieście pożary, zakończenie budowy należy przesunąć na rok 1696. W roku 1686 kaplica nie została uwidoczniona podczas wizytacji biskupiej.
Na pierwszym dzwonie, który zawisnął na wieży, widnieje rok 1711, co może sugerować pełne zakończenie budowy. Dzwon posiada napis z nazwiskami fundatorów: FRAN. LVD. TEMER. : M. CLARA TEMERIN : S. V. EBNERIN. Widnieją też na nim inicjały H.I.R., co moim zdaniem znaczy, że dzwon wykonał Heinrich Joseph Reichel z Nysy (Neisse 1687-1713).
W dniu 1 sierpnia 1720 roku kaplica została poświęcona świętemu Sebastianowi, Karolowi Boromeuszowi, Franciszkowi Xaweremu, Rochowi i św. Rozali (Karl Borromäus, Franz Xaver, Rochus und der hl. Rosalie konsekriert). Szkic Wernera z roku 1764 pokazuje ówczesny wygląd kaplicy. Poniżej ten szkic, ze strony Fotopolska.eu
Kapliczka na przestrzeni lat była wielokrotnie poddawana drobnym remontom (np. 1756, 1771). Do większego remontu doszło w roku 1785. Jego koszty opiewały na sumę 62 talarów. Sam żelazny krzyż na wieżę kosztował 3 talary.
W roku 1813 kaplica służy jako lazaret dla żołnierzy rosyjskich, a potem, na krótko, jako magazyn. Według spisu inwentarza z roku 1805, w kaplicy znajdowały się dwa ołtarze. Niewielki boczny ołtarz był poświęcony św. Florianowi (usunięto go w roku 1932). Ołtarz główny pochodzi z XVIII wieku. Wykonany został z drewna. Jego renowacji dokonano w roku 1910 za sumę 566 marek. W roku 1932 dokonano ponownej renowacji tego ołtarza. Na zdjęciu jego wygląd w 1936 roku.
Generalny remont dachu odbył się w roku 1838. Wymieniono wtedy wieżę. Dokonał tego 10 sierpnia dekarz Drescher z Nysy (Neisse). Nowa wieża została pokryta miedzianą blachą i otrzymała na swym szczycie żelaznego austriackiego orła. Orzeł był jeszcze sprzed roku 1742. Na nowej więźbie dachowej położono gont (w roku 1842 wymieniono go na dachówkę). Podczas tego remontu otynkowano też ściany zewnętrzne (wcześniej nie były one otynkowane). Całkowite koszty wyniosły 400 talarów.
W roku 1899 przeprowadzono kolejny duży remont kaplicy. Jego koszt wyniósł 1557 marek. W roku 1909 pomalowano kaplicę wewnątrz.
W roku 1932 nastąpiła całkowita przebudowa kaplicy. Przebudowano chór, następnie przedłużono kaplicę, wybudowano nową zakrystię (poprzednio zakrystia mieściła się po drugiej stronie kaplicy). Nastąpiła też wymiana ołtarza na nowy, a na nowym chórze ponownie umieszczono organy. Na zdjęciu z 1936 roku widok na chór i organy.
Organy pochodzą z roku 1744. Podczas remontu w roku 1932 znaleziono zapiski, mówiące o tym, że organy te zostały podarowane w roku 1818 przez dotychczasowych właścicieli, Ojców Jezuitów, do kaplicy. W czasie kiedy kaplicę zamieniono w roku 1813 na lazaret, Rosjanie zniszczyli organy.
Całkowite zakończenie remontów nastąpiło 13 stycznia 1933 roku. Ze zdjęć wykonanych w roku 1930 i 1938 widać wyraźną różnicę w wyglądzie zewnętrznym kościoła.
Zmienił się między innymi kształt okien. Zamiast prostokątnych powstała rozeta, nad wejściem umieszczono relief świętego Sebastiana (wykonał go w roku 1932 rzeźbiarz Spribille). Podobny obraz św. Sebastiana umieszczono też w ołtarzu. Właściwie to od remontu z 1932 można już mówić, że jest to już kościół. Poniżej jego współczesne zdjęcia.
