Konwent powrócił w 1648 roku, a w 1654 roku rezydujący prepozyt Paweł Scrabo odbudował zniszczone budynki klasztorne. Dwa lata później zakupiono trzy dzwony, które poświęcono Zbawicielowi, Matce Najświętszej i św. Norbertowi. W 1682 roku za czasów prepozytury Balthasara de Gerberta zostały ukończone prace przy budowie Domu Zakonnic. Dzięki jego zabiegom prepozyci Czarnowąsów otrzymali prawo do godności prałata, co w 1682 roku potwierdził opat klasztoru św. Wincentego oraz godności infułata, co w 1690 roku potwierdził papież Aleksander VIII.
Od tego momentu prepozyt zyskał uprawnienia do noszenia mitry, pastorału, pierścienia i insygniów pontyfikalnych, udzielania suspensy, interdyktu, cenzury, udzielania błogosławieństwa „benedictio solemnis” w uroczystościach, w których nie brał udziału biskup, legat lub nuncjusz. Miał również prawo poświęcania przedmiotów liturgicznych i sprzętów kościelnych. Balthasar de Gerbert doprowadził również do powstania na cmentarzu niedaleko klasztoru kościółka poświęconego św. Annie, którego budowa trwała cztery lata (1684-1688).
Z nazwiskiem jednego z kolejnego z prepozytów Czarnowąsów, Eustachiusza Fritscha, który objął konwent w 1725 roku należy wiązać powstanie budynku Prałatury ukończonej w 1730 roku. Jego następca, Eustachiusz Huffnagel, wybrany w 1739 roku, zasłynął przede wszystkim jako autor 5-tomowej kroniki klasztoru. Wzbogacił także bibliotekę klasztorną i rozwinął podupadłe gospodarstwo.
Po nim pieczę nad klasztorem sprawował Józef Krusche, dzięki któremu przebudowano i zmieniono wystrój kościoła przyklasztornego, a w 1784 roku zakupiono doń organy. Warto wspomnieć również, że mimo dewastacji, wysokich kontrybucji i sporych obciążeń podatkowych, klasztor posiadał w XVIII wieku jeszcze dość dużo ziemi.
Po wojnie siedmioletniej (1756-1763) obciążenia podatkowe znacznie wzrosły. Wiązało się to z funkcjonującym w gospodarce Prus merkantylizmem. Stąd też w 1766 roku klasztor w Czarnowąsach zobowiązano m. in. do założenia fabryki nici i koronek, przędzalni, olejarni, winnicy. Ponadto do obowiązków klasztoru należało założenie plantacji tytoniu, buraków i drzew morwowych, rozwinięcie pszczelarstwa, zwiększenie wydobycia torfu oraz przeznaczenie dziesiątej części hodowli owiec wyłącznie do produkcji wełny.
Część tych obowiązkowych inwestycji zrealizował prepozyt Huffnagel, część udało się zamienić na inne, a część anulowano, jak choćby te dotyczące uprawy winorośli, co ze względu na niesprzyjający klimat z góry skazane było na niepowodzenie.
W 1810 roku na mocy rozporządzenia władz rozwiązano wszystkie klasztory w Prusach. Majątek klasztoru w Czarnowąsach został przejęty przez skarb państwa. W jego skład wchodziły wówczas m.in. budynki konwentu, gorzelnia, kuźnia z wyposażeniem, wszystkie grunty należące do klasztoru, insygnia infułata, złote i srebrne naczynia liturgiczne, biblioteka, archiwum, kapitał z tytułu hipotek, dziesięcin.
Zakonnicy objęli probostwa w wioskach klasztornych, a siostry po otrzymaniu rocznej renty musiały udać się do swoich rodzinnych miejscowości. Z należących przed sekularyzacją do klasztoru dóbr rząd utworzył folwarki w Czarnowąsach i Chróścinie. Po pewnym czasie folwark w Chróścinie zlikwidowano, a pozostałe ziemie oddano w dzierżawę.
Rządy parafią czarnowąską po Józefie Krushce, który po sekularyzacji musiał opuścić klasztor i zmarł w Otmuchowie, objął inny duchowny zakonu premonstratensów-Wawrzyniec Rincke. Zamieszkał w jednym ze skrzydeł klasztoru. W budynku Prałatury mieszkał natomiast dzierżawca z rodziną. W 1813 roku, po bitwie pod Lipskiem klasztor zamieniono na lazaret dla rannych żołnierzy rosyjskich.
W ciągu następnych lat pomieszczenia klasztorne stały opuszczone. W 1849 roku zamierzano przystosować je dla potrzeb seminarium nauczycielskiego, w 1851 roku próbowano urządzić więzienie, a nieco później szpital psychiatryczny. W 1864 roku po raz wtóry próbowano umieści w budynkach klasztornych górnośląskie seminarium nauczycielskie. Ostatecznie żaden z projektów nie został zrealizowany, a grabieże, wiatry i deszcze doprowadzały do coraz większej ruiny.(…) cdn.
